تكنيك هاي مولكولي: مروري از روش ها براي تشخيص باكتریها
روش های مولکولی پايه.فن آوری های جدید قابل ملاحظه اي برای افزایش حساسیت بالابراي تكميل روش هاي کشت سنتي است
کلمات کلیدی : تکنیک های مولکولی، انگشت نگاری، میکروارگانیسم است.
مقدمه
تكنيك هاي مولكولي ابزار هاي بزرگي براي آناليز ميكرواركانيسم ها از غذا ديگر مواد شيميايي است. اين تكنيك ها شامل صفخه اي از روش ها براي يك ميزان عريضي از عوامل تست تك است.(فايلد و والس در سال1998)
این ها واقعا از عصر و محدوده از كاربرد آنها به تصور در آینده ای نزدیک گسترش
صنایع غذایی، پردازنده های آب و تحلیلی آزمایشگاه ها گرفته تا روش دوم، برای
تمایز سريع گونه های شناسایی سویه، وتعریف ارتباط سوش از نمونه های آلوده.
روشهای مولکولی متفاوت با توجه به قدرت تبعیض آمیز، قابليت تكثير آسان و سهولت استفاده، و سهولت تغيير
(لاسکر2002) من اینجا خلاصه ای از گزارش روش های تشخیص مولکولی قابل اجرا از میکروب مواد غذایی ، مواد گیاهی، خاک و آب.
واكنش ها زنجيره اي پليمراز(PCR)
روش PCR جزئياتش توضيح داده شده توسط هولزل وگرين در سال.1998 استيكي وهمكارانش (1995) چاپ كردن اولين اطلاعات آزمايشگاهي PCR از آن پس تكنيك PCR(ماليز و فانولا1987) تحقيقات موثرعظيمي در بخش هايي گوناگوني از علوم بيولوژي راهنمايي براي درك بي سابقه از ميكروارگانيسم ها. با استفاده از PCR در حال حاضرامكان ساخت كپي نا محدود مجازي از قطعات DNA (فيلد و ويلس 1998) است. ارگانيسم هاي مورد علاقه را ميتوان شناسايي وبه طور مستقيم از طريق روش PCR در زمان بسيار كوتاه تر نسبت به كشت قديمي به دست آورد.
Campylobacter بيشترين حالت رايج حاد باكتريال گاستروانتريت در كشورهاي توسعه يافته است.كه تشيخيص اش از مواد غذايي به وسيله PCRاست.(كلوك وهمكارانش 2001) روش PCR همچنين اجازه شناسايي به Lactobacillus curvatus L. graminis, وL. Sake(برلي و ارليش 1998)بوروك وهمكارانش(1992) استفاده كردن ازPCR براي وسعت خاصي ازتوالي rDNAاز كورينه باكتريوم.
در خالص سازي عصاره ,DNAسلولهاي خام ليز شده ونمونه غذا. مشابه روش PCR طراحي شده براي مهندسي ژنتيكي L. curvatus در سوسيس هاي خام. دهلنگبورگ وهمكارانش (2001) استفاده ميشود از روش هاي پايه PCR براي رسيدگي به شيوع كلستريديوم بوتولونيوم ازتوليد اوليه و براي بيان ژن هاي نوروتوكسن بوتولونيوم
هلينك و همكارانش (2002) توسعه دادن پرايمر PCR گروه مخصوص لاكتو باسيلوس با انتخاب بزرگ 16s ريبوزوميDNA (rDNA) از لاكتو باسيل مربوط به باكتر لاكتيك اسيد.از حمله اعضاي لوكونوستوك,پديوكوكوس و ويسيلا است.توالي هايي از گونه لوكونوستوك (هلينگ و همكارانش 2002)بازيابي شده تنهادرمحصولات غذايي تخمير شده شناسايي شد ولي درنمونه دستگاه گوارش شناسايي نشد.
ترون وهمكارانش (2001) توسعه دادن حساسيت نيمه پيچيده رو شهاي PCR براي تشخيص شيگلا در نمونه اب محيط .آنها كار كردن در تشخيص توكسيك ويبريو كلرا در نمونه محيط آبي به وسيله غني سازي هر دو.توليدات نيمه پيچيده PCR (ترون وهمكارانش 2000)آناليز اب دريا و مواد الي(الام و همكارانش 2003)براي تعيين ويبريو پاراهموليتيكوس يك عامل باكتري بيماري زا.نشان داده شد از بالاي 22% از نمونه هاي مثبت براي ويبريو پارا هموليتيكوس.نسبت به تكنينك تشخيصي كشت MPN
در
حال حاضر از روش PCR با ارزش در غربالگری ثابت rhizobacteriبرای 1
- آمینو cyclopropane - 1 – کربوکسیلیک((ACC) deaminase (Babalolaو
همکاران، 2003. تیلور و همکاران.(2001)توصیف تشخیص اثر Erwinia amylovora
باکتری (pectolytic) در مواد
گیاهی با استفاده از PCR.به طور مشابه ، سانچز - Contrerasو
همکاران. (2000) توسعه یافته
وآزمایش چهار آغازگر که به تشخیص همولوگ حفظمناطق با روش
PCR ژنوم Sinorhizobium meliloti.روش برای ایجاد مجموعه ای از مورد استفاده
قرار گرفت سویه های S. meliloti از خاک آلوده با polychlorinated
biphenyls و / یا هیدروکربن های آروماتیک چند حلقه ایفرایند ، که می
تواند در غیر این
صورت timeconsuming بوده است.علاوه بر این، روش PCR شناسایی کرده است
باکتری از ندول Medicago SP. گیاهان جمع آوری شدهاز نمونه های مزرعه. نتایج
به دست آمده برای شناسایی مفیدS. meliloti، به ویژه هنگامی که تعداد
زیاد دیگرباکتری انتظار می رود در گره است وجود داشته باشد.توسعه سنجش های
متعدد مانند متعددPCR بدان معنی است که در گونه های متعدد باکتریایی را می
توانمشخص شده در سنجش واحد (میدان و وصیتنامه، (1998). برای به عنوان مثال
، یک PCR multiplex در مورد استفاده برای شناسایی شده است
سالمونلا، کمپیلوباکتر، شیگلا گونه و اشریشیا کلی در نمونه های مدفوع QIAGEN، 2001).)
انگشت نگاری DNA تکثیر (DAF) و
تصادفی تقویت شده به ژن DNA (RAPD)
دف
و RAPD اسید نوکلئیک تقویت مبتنی برتکنیک انگشت نگاری (تشخیص همزمان
چندجایگاه بدون تعیین ژنوتیپ) که با استفاده از در محیط in vitroواکنش
آنزیمی به طور خاص تقویت تعددسایت های مورد نظر در یک یا چند مولکول
اسیدنوکلئیکMicheliو همکاران ، (1994.( واکنش های تکثیربه طور کلی توسط
oligonucleotides کوتاه ترکیبی صورت می گیرد ،
Babalola711دنباله خودسرانه و یا نیمه خودسرانه ، که تولیدمجموعه ای از محصولات تقویت شده تا حد زیادی غیر - اللی
طبیعت. DAF
با استفاده از پرایمر (05/10 BP) برای تقویتDNAژنومی در تصادفی. سالمونلا
سروتیپTyphimurium ، به دست آمده از انسان ، حیوان (بالینی) ، ومنابع غذایی
، توسط DAF (دلی و همکاران ، 2000) تایپ شد.داده ها از DAF و مطالعات دیگر
خود را نشان می دهددرجه قابل توجهی از یکدستی در سطح مولکولیدر میان جدا
شده معاصر از S. enterica سروتیپTyphimurium DT104.روش RAPD اولین بار توسط
ویلیامز و همکاران شاغل بوداست. (1990) به بررسی نمونه های DNA انسان را
ازناشناس افراد. از آن زمان چندیندر استفاده از روش RAPD در
گزارشمیکروارگانیسم ها (به عنوان مثال Babalola ، 2002). با استفاده از
تصادفیآغازگر (ویلیامز و همکاران ، 1990) و می توان به هر کاربردیگونه های
بدون نیاز به هر گونه اطلاعات در موردتوالی نوکلئوتیدی. محصولات تقویت از
اینپلی مورفیسم نمایشگاه تجزیه و تحلیل و در نتیجه می تواند به عنوان
استفاده می شودنشانگرهای ژنتیکی. حضور یک گروه RAPD ،با این حال ، آیا
تمایز بین گوناگون و اجازه نمی دهدایالات هموزیگوت. این قطعه ، با توجه به
عنوان گلعناصر غالب Mendelian ، و پروتکل هانسبتا ساده است.Nowrouzianو
همکاران. (2001) طراحی یک سیستم تایپ دهی RAPDروش برای شناسایی گونه های در
E. coli درطبیعی میکروفلورها روده انسان. الگوی گروهتولید شده در تجزیه و
تحلیل نشان دهنده ژنومخصوصیات یک گونه خاص باکتری (ویلز ومککلیلند ،
1990). علاوه بر این ، روشبالقوه برای تجزیه و تحلیل روابط فیلوژنتیک در
میان گونه های بسیار مرتبط (ویلیامز و همکاران ، 1990) و می تواند تمایز
بین سویه های درون یک گونه است.
محدودیت طول قطعه
پلی مورفیسم (RFLPs)
روش ها شامل جداسازی DNA، هضمDNA با محدودالاثر، شکنش اندازه
در
نتیجه قطعاتDNA توسط الکتروفورز، DNAانتقال از ژل الکتروفورز ماتریس به غشاء،آماده
سازی radiolabelled ظاهر
شد و chemiluminiscentپروب، و hybridisation به غشاء متصل به DNA.
تکنیک انگشت نگاری RFLP به عنوان بیشتر در نظر گرفته روش حساس برای شناسایی سویه و چند
سویه باکتریایی شده اند به طور گسترده ای مورد مطالعه با استفاده از اینروش. Kabadjova و همکاران. (2002) تاسیس سریع
PCR - RFLP بر اساس طرح شناسایی چهار نزدیکگونه های مربوطبه Carnobacterium (C. divergens، C.
piscicola،C. gallinarum وC. تلفن
همراه است که ازعلاقه به صنایع غذایی. سه جدا شده قبلاشناسایی اشتباه به
عنوان C. divergens (INRA 508، INRA
586، و INRA 515) reclassified به عنوان C. piscicola بودند.به طور مشابه، چهار جدا سپرده به عنوان C. piscicola (INRA
545، INRA 572، INRA 722
، و ENSAIA 13) شدندreclassified به عنوان divergens C. مبتنی بر ژن
16S - 23S ISR RFLP روش patternsobtained.وانگ و همکاران. (2000)
و پنروز وهمکاران. (2000) اثبات
نقش PCR و hybridisation جنوبی در
ارزیابیاثر معرفی 1 - aminocyclopropane - 1
کربوکسیلیکاسید ژن deaminase در مورد بیماری های سرکوبگرقابلیت
های سودوموناس فلورسنس سویه چائو.یکی از
نتایج خود را نشان که لکه های ساخته شده میتواند به عنوان حسگرهای
زیستی برای نقش اتیلن توسعه
دربیماریهای گیاهی. Manceau و Horvais (1997) استفاده می شودتجزیه و
تحلیل RFLP operons مولکول، ابزار مناسبی برای ارزیابی تکامل نژادیتنوع در
میان سویه های سودوموناس syringae PV.گوجه فرنگی. آنها با
موفقیت تاسیس نزدیک
روابط
موجود بین P. syringae و P.گونه viridiflava. با این حال، یافته های Lu و
همکارانش.(1996) که مبتنی بر PCR - نشانگر چند جایگاه های پیشنهادی
تکنیکهای (RAPD، (AFLP، میکروستلایت و بین SSR
PCR می تواند RFLP در برآورد ژنتیکی جایگزینتنوع است.
پلی مورفیسم طول قطعه تکثیر شده
(AFLPs)
تقویت نمایید پلی مورفیسم قطعه (AFLP) تجزیه و تحلیلتوسط یک تیم توسعه یافته توسط مارک Zabeau در رهبری
Keygene NV
، Wageningen، هلند (Vos و همکاران،1995 ؛ Zabeau و Vos، 1993). Vos و
همکاران. (1995)توصیف اصل از تکنیک انگشت نگاری AFLP.AFLP یک تنوع از RAPD
، قادر به شناسایی محدودیت
پلی مورفیسم سایت بدون دانش توالی قبلبا استفاده از روش RT - PCR برای تشخیص محدودیت
قطعه (Blears و
همکاران، 1998 ؛ مولر و Wolfenbarger،1999 ، Vos و همکاران،
1995؛ Zabeau و Vos، 1993). در اینجا
،قالب برای واکنش PCR محدودیت enzymedigested است
DNA ژنومی.آغازگر شامل
محدودیت آنزیم به رسمیت شناختن سایت و
همچنین اضافیخودسرانه 'نوکلئوتید است که فراتر از محدودیت گسترش
سایت.بخش ثابت می دهد ثبات پرایمر وبخش تصادفی اجازه می دهد تا آن
رابه تشخیص جایگاه بسیاری است. تقویتمحصولات ژل پلی آکریل آمید حل و
فصلالکتروفورز.تجزیه و تحلیل AFLP یکی از قوی چندگانه منبع استتکنیک انگشت
نگاری در میان مارکر ژنتیکیتکنیک های که برای ژنوتیپی ارزیابی شده اند
مشخصه (Koeleman و همکاران، 1997). Restrepo و همکاران.(1999)استفاده می شود AFLP به توصیف ژنتیکی
روابط بین X. axonopodis PV. Manihotisنژادها.مطالعه از جانسن و همکاران. (1996) نشان داد
شواهد گسترده
ای برای انطباق AFLP در باکتریاییطبقه بندی از طریق مقایسه داده
های تازه به دست آمدهبا نتایج به دست آمده به خوبی
تثبیتروش های ژنوتیپی و chemotaxonomic مانند DNA DNAhybrdization سلولی
و تجزیه و تحلیل اسید چرب.
دانش در میکروارگانیسم های مهم در غذا منتقلعفونت های دستگاه گوارش، استارتر تجزیه و تحلیل فرهنگ ، سریع
افتراق گونه ها، کرنش شناسایی ، وتعریف ارتباط کرنش. بر اساس روش های مولکولیمکمل به روش های سنتی و
انقلابی تنوع میکروبی و پژوهش طبقه بندیو کاربردی زمینه است.
در این وبلاگ سعی شده تا در مورد موضوعات مختلف با توجه به مقالات روز دنیا به صورت خلاصه بحث شود. در صورت تمایل میتوانید مقلات ترجمه شده و یا سمینارهای خودتون را برای استفاده همگان برام ایمیل کنید تا توی وبلاگ گذاشته بشه. به اصل مقالات هرکدام از مطالب هم که نیاز دارین برام ایمیل بزنید تا براتون بفرستم.